Começa um novo ano letivo em Majisuka e após os acontecimentos da primeira temporada, um novo Rappappa foi formado, aliado ao Team Hormone. Se aproveitando da nova formação, a misteriosa Nezumi tem novos planos para chegar ao topo e para isso contará com a novata prodígio, Center, mas uma certa aparição mudará totalmente os rumos do colégio.