Começa um novo ano letivo em Majisuka e após os acontecimentos da primeira temporada, um novo Rappappa foi formado, aliado ao Team Hormone. Se aproveitando da nova formação, a misteriosa Nezumi tem novos planos para chegar ao topo e para isso contará com a novata prodígio, Center, mas uma certa aparição mudará totalmente os rumos do colégio.
A guerra da aliança Yabakune contra Majijo já tem local e horário marcado, mas Maeda parte sozinha para enfrentar Shibuya, porém a polícia está no seu encalço.
Maeda dá um passo importante em sua busca pessoal, o que pode impactar a guerra que se aproxima. Agindo sem o conhecimento de Shibuya, a aliança dos pés descalços de Yabakune entra em contato com Sutegoro para agilizar o ataque definitivo à Majijo. Novas alianças vão se formando e Nezumi começa a perder o controle da situação, após sua traição à Center.
Enquanto Team Hormone e Team Fondue fazem uma reunião de emergência para pensarem em como podem ajudar, Otabe faz uma proposta à Center. Shibuya também está buscando aliados e recruta as garotas do colégio Sutegoro, lideradas por Nakamata. No hospital, com a vida por um fio, Gekikara se encontra com alguém do passado...
Nezumi usa dos seus contatos para recrutar Choukoku, ex-aluna de Majisuka, para enfrentar Otabe, mas é vista entrando em Yabakune e causa desconfiança em Majijo. Maeda continua em sua peregrinação acabando com Yakuzas e deixa a polícia em alerta.
Miso, aluna de Yabakune, age por conta própria por não reconhecer a liderança de Shibuya. Enquanto Maeda continua desaparecida, Shaku encontra algumas garotas de Yabakune e finalmente tem a chance de testar o seu poder, ganhando até algumas discípulas.
Gekikara encontra Gakuran em péssimo estado e isso liberta em sua mente seu estado mais psicopata, que fará as garotas de Yabakune se arrependerem do que fizeram. Shibuya novamente se prepara para enfrentá-la mas um destino terrível aguarda Gekikara. Enquanto isso em Majijo, Otabe desconfia das ações de Nezumi.
Shibuya solicita que sua subordinada Dance entregue para Gekikara um convite para um duelo, mas alguns desencontros e novas aparições vão alterar um pouco as lutas. Center também quer enfrentar Gekikara para impressionar Nezumi, e seus motivos parecem ser algo além de uma simples admiração.
